農業科技園區保稅業務管理辦法
民國 106 年 10 月 13 日
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第 一 章 總則
第 1 條
本辦法依農業科技園區設置管理條例（以下簡稱本條例）第二十一條第二項規定訂定之。
第 2 條
本辦法規定之事項，由農業科技園區管理局（以下簡稱管理局）與依本條例第八條第一款及第二款規定設立之分支機構或人員執行之。
第 二 章 保稅貨品管理
第 3 條
園區事業於辦妥公司登記，並經海關核准公告監管後，始可由國外進口保稅貨品。其貨品屬下列範圍以外之觀賞水族動物者，應進儲於管理局指定場所：
一、貿易主管機關公告之高風險入侵性外來種。
二、依野生動物保育法第四條第二項規定公告之保育類野生動物名錄。
三、野生動物活體及產製品輸出入審核要點第二點附表之准許輸入一般類野生動物物種名錄。
園區事業進口保稅貨品應依海關相關規定，設立保稅帳冊，並指派專職人員辦理保稅業務。
園區事業尚未辦妥公司登記而需自國外進口保稅貨品者，得檢具管理局同意廠房租賃文件，向管理局申請專案進口保稅貨品，並應向海關繳納進口稅款保證金，始可辦理通關手續，並於辦妥公司登記，且經海關核准公告監管後，再向海關申請退還進口稅款保證金。
第 3-1 條
園區事業得於本條例第二十一條第一項保稅範圍內，生產非保稅貨品。
經海關核准公告監管之園區事業，其非保稅貨品之管理，應依海關相關規定辦理。
本條文有附件 第 4 條
園區事業於辦妥公司登記，並經海關核准公告監管後，得檢具下列文件向管理局申請辦理保稅貨品自行點驗進出區及按月彙報業務：
一、公司登記證明文件影本。
二、最近三年經稅捐稽徵機關核定之營利事業所得稅結算申報核定通知書影本（尚未經稅捐稽徵機關核定者，檢附營利事業所得稅結算申報書影本）。公司成立未滿一年者，應提供有關財務報表影本。
三、原物料管制作業流程說明書。
四、工廠、倉庫等保稅貨品儲存處所配置平面圖。
園區事業申請前項自行點驗進出區及按月彙報資格，經管理局初審通過後送海關依評估審查表（如附表一）詳實評定；其評分達八十分以上者，由管理局核定之。
依公司法規定合併或分割後存續或新設之園區事業，得申請承受合併消滅或分割前已取得之自行點驗進出區及按月彙報資格。
第 5 條
園區事業經核准辦理自行點驗進出區及按月彙報業務者，應聘任二名以上之保稅業務人員（其中一名為主管級人員）辦理下列保稅業務：
一、自行點驗進出區及按月彙報有關帳冊、報單之審核。
二、保稅原料及成品進、出倉之點驗。
三、保稅貨品進、出廠之點驗。
四、經核准辦理之委、受託加工案件，其原料及加工品進出之點驗。
五、視同進、出口案件之點驗。
六、各種有關表報、文件之編製、造送、登記、整理、歸檔及保管等工作。
七、廠驗屬免驗進、出口貨品封條之拆卸、加封及貨櫃（物）運送單或貨櫃清單等文件之開立、追蹤、銷案業務。
八、開具生產性貨品出區放行單，自行點驗後放行。
九、其他依海關業務需要應辦理之保稅事項。
園區事業保稅業務人員應具國內、外高中或高職以上學校畢業（含同等學歷資格）或普通考試（含相當等級）以上考試及格，並須符合下列條件之一：
一、經辦保稅業務達二年以上者。
二、經管理局、海關或海關審查通過之民間機構舉辦保稅業務人員講習並取得結業證書者。
園區事業聘任之保稅業務人員應檢具下列表件報經海關核准登錄並辦理自行點驗按月彙報簽發章及印鑑登記後，始可執行有關保稅業務：
一、學經歷或資格證明文件影本。
二、公司保稅業務主管證明文件。
三、印鑑卡及自行點驗按月彙報簽發章。
保稅業務人員異動或自行點驗按月彙報簽發章及印鑑遺失、毀損時，應辦理變更登記或登錄後始具效力。
第 6 條
園區事業經核准自行點驗進出區及按月彙報業務者，其視同進出口案件、委外加工案件、受託加工案件、借料及價值未逾海關核定免繳保證金限額之保稅貨品，或運往區外展示、修理、檢驗、組裝測試之案件，得自行點驗進出區。視同進出口案件，得先憑交易憑證及裝箱單等文件登帳，於次月十五日前繕具報單檢附單證，向海關辦理按月彙報，惟出區前並應依規定取得所需之簽審文件。
前項自行點驗進出區案件之出區放行單，應先報請海關驗印後依號碼順序開具，如經海關核准以電腦列印者，其號碼序號之使用應先向海關申請，公司存查聯得以電子媒體儲存備查。
設有警衛控管之園區事業生產性貨品出區時，應由園區事業保稅業務人員依規定填寫自行點驗生產性貨品出區放行單，經園區事業自行查驗後放行，園區警衛只辨識放行單不再查驗。按月彙報案件，其最後一批貨品進出區日期視同進、出口日期。
第 7 條
園區事業應於向海關辦理接管盤存或製造新產品之翌日起一個月內，且產品未出區前，造具各種產品單位用料清表（以下簡稱用料清表）一式二份，送海關備查；必要時，海關得予查核，並得要求提出製造程序說明書等相關文件；用料清表未送海關備查，而產品已先行出區者，不予除帳。但產品如為樣品，或因特殊原因，已於出區前檢附相關證件，向海關申請報備，並於出區之翌日起一個月內送海關備查者，不在此限。
海關應於收到用料清表備查後，將其中一份發還園區事業作為核銷保稅帳冊之依據。
園區事業原送之用料清表如有變動，應於變動之翌日起一個月內，另造新表，列明原經海關備查或核准文號送海關備查；經備查或核准者以海關收文日期為使用新表日期。
區內事業所使用之原料，其性質及功能相近而可相互替代流用者，應於用料清表上列明，並送海關備查後，始得於年度結算時合併計算。
用料清表之適用期限，自送海關備查或核准之翌日起三年；期限屆滿前應由園區事業重新造送海關備查。
用料清表得經海關核准以電子資料申報。
第 8 條
園區事業應分別備置原料（含半製品）、物料（含燃料）、產製之成品及機器、設備及供貿易用之成品帳冊，報請海關驗印，驗印後依海關規定詳細記錄原料、物料及成品進、出倉數量、倉庫結存數量、機器、設備、半製品之動態紀錄等，供管理局及海關隨時查核。
園區事業之帳冊以電子資料處理者，應將進出廠之有關資料，依規定期限輸入建檔，按月印製替代帳冊之表報；於次月二十日前印妥備查，並得以電子資料儲存。
第一項保稅帳冊之建立，管理局得依實際情形，要求園區事業設置電腦及相關連線設備，以電子資料處理有關帳冊，並由管理局會同海關設立農業科技園區保稅稽核管理資訊系統處理之。
園區事業進口之非保稅原料、物料，可與其他保稅原料、物料相互替代使用者，應一併登列於原料、物料帳管理，並於年度結算時分項列明，合併計算。
第 9 條
本辦法所定之帳冊、表報、放行單證等文件，依海關規定格式印製使用，園區事業因業務需要必須自行設計格式或變更海關規定格式者，應事先報請海關核准。
第 10 條
園區事業有關保稅之帳冊及編製之表報，應於年度盤存結束後，保存五年；其有關之憑證應保存三年。
前項有關之憑證，園區事業得於盤存結案後報經海關核准，以微縮影片、磁帶、磁碟片、光碟片或其他電子媒體等按序攝錄後，依前項規定年限保存，其原始單證得予銷毀。但海關依法進行查案時，如須複印單證及有關文件，園區事業應負責提供。
管理局及海關因稽核或監管需要，得查閱園區事業保稅帳冊、表報，並得派員持憑公文查閱其他帳冊、表報及憑證，園區事業不得拒絕。
第 11 條
園區事業之保稅貨品應依序存放固定之倉庫或場所，並編號置卡隨時記錄其存入、領出及結存數量，以備查核；另經海關核准以電子資料代替紀錄卡者，應隨時將保稅貨品進出倉資料輸入建檔。
第 11-1 條
園區事業依野生動物活體及產製品輸出入審核要點進口經農業主管機關通案核准或個案申請首次輸入審查同意之觀賞水族動物，於保稅期間內因存放、蓄養或繁殖致數量增加時，應檢附說明文件報經管理局核定後，立即按增加數量登帳，並於次月五日前按上月新增數量製作彙總表送交管理局，並副知海關；保稅輸入觀賞水族動物之母體依進口貨品規定辦理報關完稅進口後，其於保稅期間內所生之子代非屬保稅貨品，免依進口貨品規定辦理報關課稅，由管理局核准輸往課稅區後，按核准數量自行除帳。
前項觀賞水族動物屬第三條第一項應進儲於管理局指定場所者，於存倉蓄養過程致數量增加時，其增加之子代，不得輸往其他保稅區或課稅區。園區事業應於子代出生七日內檢附說明文件向管理局報備並按增加數量登帳，並副知海關。
本條文有附件 第 12 條
園區事業應每年盤存一次，每二年會同會計師盤存一次，並於年度盤存前編列保稅原料、物料、半製品、成品及機器、設備以及供貿易用成品盤存清冊、盤存卡，以憑查核。但盤存清冊所列保稅貨品，如有固定儲位，並以電腦控管或採自動倉儲盤存時，得依分區按儲位依序列印盤存清冊者，得免附盤存卡。
經海關認證為安全認證優質企業或保稅帳冊製作完善，保稅貨品管理健全之園區事業，得於會同會計師盤存之年度盤存日或盤存期限屆滿日一個月前，向海關申請免會同會計師盤存；海關應於接到申請書後，按所列項目（如附表二）詳實評定，其評分結果達八十五分以上者，該年度准予免會同會計師盤存。
園區事業以研究發展為主要業務且保稅貨品僅有機器、設備者，免會同會計師盤存。
第一項之會計師，以依會計師代理所得稅事務辦法規定核准登記為稅務代理人有案之會計師為限。
具自行點驗進出區及按月彙報資格之園區事業，於年度盤存，其由會計師辦理及簽證者，得免會同海關辦理。由會計師簽證之年度結算報告表，海關得免審核。
園區事業得於盤存日一個月前向海關申請辦理假日盤存。
第 13 條
園區事業管理制度健全，保稅貨品控管良好，於盤存當日作業前即能編妥盤存清冊，且符合下列條件之一者，得於盤存日一個月前，向海關申請辦理生產線不停工盤存：
一、以研究發展為主要業務。
二、保稅貨品僅有機器、設備。
三、不停工盤存時能由電腦即時提供生產線上保稅貨品之統計表報。
經海關核准辦理不停工盤存之園區事業，其生產線上之保稅貨品得免編製貨品盤存卡，應提供有關生產線上保稅貨品相關表報，供稽核關員即時查核。
海關稽核關員盤存時，發現以不停工方式無法查核或有重大弊端時，得令其停工接受盤存或另訂日期停工重盤。
第 14 條
園區事業之盤存，其日期距上年度盤存日期最短不得少於十個月，最長不得超過十四個月，如有特殊情形、事先報經海關核准者，得酌予提前或延長之。但海關及管理局認有必要時，得隨時予以盤存。
前項盤存，其未經抽查之項目事後發現錯誤時，應於盤存後二週內，在該項貨品未動用前，向海關申請複查，逾期不予受理。
園區事業應於盤存後三個月內根據盤存清冊編製保稅貨品盤存統計表及保稅原料結算報告表，連同在製品、半製品、成品盤存數折合原料分析表及內外銷成品折合原料分析表，移送海關審核。但有特殊原因，經申請海關核准者，得延長一個月，並以一次為限。
具按月彙報資格之園區事業，其機器、設備無盤盈、盤虧者，得免編製機器、設備盤存統計表及保稅結算報告表。
第三項委由辦理盤存之會計師簽證，並於盤存日起三個月內完成簽證送交海關者，海關得免予審查。
在製品、半製品及成品盤存數折合原料分析清表、出口成品及內銷成品折合原料分析清表得以電子資料儲存備查。
第 15 條
園區事業辦理盤存之保稅貨品與當年度帳面結存數量不符時，依下列規定辦理：
一、實際盤存數量少於帳面結存數量，如未逾盤差容許率者，准免補繳稅捐，逾盤差容許率者，應於接獲海關核發之補稅通知後十日內繕具報單補繳進口稅捐、貨物稅及營業稅。
二、實際盤存數量多於帳面結存數量者，除應將超過部分之差額併入結存數外，並應說明理由，其產品用料量偏高者，應修正用料清表，供次年度結算時使用。
園區事業之同一種類或可相互替代使用之原料或物料，其部分為保稅，部分為非保稅，於年度結算時應一併列入盤存。
園區事業之原料盤差容許率依照海關管理保稅工廠分業分類原料盤差容許率表辦理之。
第 16 條
園區事業於撤銷或廢止進駐核准、解散或遷出區外前，應依下列規定辦理結束盤存：
一、園區事業應向管理局、海關及稅捐機關洽訂或由海關逕予訂定盤存日期，並得會同管理局辦理盤存。
二、海關及管理局應視實際情形將保稅貨品封存於該園區事業內，或管理局指定之地點。
三、盤存之保稅貨品，應由園區事業繕具報單補繳稅捐。其盤存數少於帳面結存數者，應依前條第一項第一款規定辦理補稅。
四、園區事業所有保稅貨品，非經補稅不得輸往課稅區，如因生產或外銷之需要，得由園區事業提供相當之保證金，經海關核准後提領使用，並應於提領之翌日起一年內檢附出口證明文件向海關辦理銷案，逾期未銷案者，由海關就保證金抵繳應納稅捐。
五、園區事業宣告破產者，應依破產法及其相關規定辦理。
經撤銷或廢止進駐核准、解散、遷出區外或營運不善破產而清算之園區事業，因故無法辦理結束盤存時，海關得逕依帳面結存數課徵應補稅捐；其生產性貨品攜運出區，得由管理人或貨品所有權人自行簽發生產性貨品出區證明單，送請海關查驗及補稅無誤後核准放行出區。
第 17 條
園區事業之保稅機器、設備進口屆滿五年後，由園區事業自行除帳，得免列帳監管。
第 三 章 保稅貨品查驗、通關
第 18 條
園區事業由國外進口貨品，應繕具報單，依一般貨品輸入規定辦理通關手續。
第 19 條
在園區通關之園區事業進出口保稅貨品應進儲園區海關監管聯鎖倉庫或貨櫃集中查驗區辦理查驗。但有下列各款情事之一者，得經海關核准在指定地點查驗︰
一、體積過巨、數量龐大、在倉庫起卸不便。
二、危險及易腐貨品。
三、精密器材在倉庫查驗易毀損。
四、數量未逾十件，每件毛重未逾二十公斤之零星貨品。
五、進儲於園區內保稅倉庫或物流中心。
六、其他特殊情形經海關專案核准。
第 20 條
園區事業不得將非屬保稅貨品列為保稅貨品報運進口，如有誤列，應於放行後三十日內向海關申請補繳稅捐。
第 21 條
園區事業之貨品出入倉（廠），應於三日內登帳。但自國外進口保稅貨品，應於海關驗放後七日內登帳。
第 22 條
園區事業進口貨品因退貨、調換或其他原因得申請復運出口。
前項復運出口應繕具報單，依一般貨品輸出規定向海關辦理通關手續。
第 23 條
課稅區廠商售予園區事業自用之機器、設備、原料、物料及半製品，依本條例第二十三條規定視同外銷，買賣雙方應聯名繕具報單，檢附報關必備文件等，向海關辦理通關手續，經海關放行後，核發視同出口報單副本交賣方廠商憑以辦理沖退及減免稅捐。
前項具自行點驗進出區及按月彙報資格之園區事業，得於交易後次月十五日前，向海關辦理按月彙報。
第 24 條
保稅工廠、保稅倉庫、物流中心、加工出口區、科學工業園區、自由貿易港區之事業或其他園區事業以保稅貨品售予或輸往園區事業，視同出口及進口，買賣雙方應聯名繕具報單檢附報關必備文件，向海關辦理通關手續。
第 25 條
視同外銷貨品發生退貨情事時，應於進廠後三個月內由買賣雙方聯名填具退貨申請書並繕具報單，向海關辦理通關手續；原已核發視同出口證明文件者，應收回註銷，已辦理沖退或減免稅捐者，應繳回已沖退稅款並通知所屬稅捐稽徵機關，始可退貨出區。
前項退貨案件於進廠三個月後發生者，應按一般進口程序辦理通關手續，並依法課稅。
前條視同出口及進口貨品發生退貨情事時應由買賣雙方聯名填具退貨申請書並繕具報單向海關辦理通關手續。
第 26 條
園區事業以保稅貨品售予或輸往其他園區之園區事業再加工出口，或進儲保稅倉庫、物流中心者，視同出口及進口，買賣雙方應聯名繕具報單檢附報關必備文件向海關辦理通關手續。
前項視同出口及進口貨品發生退貨時，準用前條規定辦理。
第 27 條
園區事業以保稅貨品售予或輸往保稅工廠、保稅倉庫、物流中心、加工出口區、科學工業園區、自由貿易港區之事業或其他園區事業，視同出口及進口，買賣雙方應聯名繕具報單，檢附報關必備文件，向海關辦理通關手續。
前項視同出口及進口貨品發生退貨時，準用第二十五條規定辦理。
第 28 條
園區事業以成品出口，應繕具報單依一般貨品出口之規定向海關辦理通關手續。
前項在園區通關之出口貨品，應由海關在指定倉庫或地點查驗，經放行後監視裝入保稅卡車或貨櫃加封交運，並簽發出口貨載運單、貨櫃（物）運送單或貨櫃清單，隨貨封送出口地海關，經出口地海關核對無訛後，以出口貨載運單或出口貨櫃清單第二聯送回海關銷案。
園區事業進、出口貨物得選擇在進出口地海關辦理通關手續，其通關作業規定由海關另定之。
第 29 條
園區事業出口之成品因故退貨復運進口者，準用第十八條規定辦理，於進廠後列入成品帳，並準用第十九條規定，申請在指定地點查驗。
第 30 條
園區事業以成品售予稅捐記帳之外銷加工廠再加工外銷者，買賣雙方應聯名繕具報單檢附報關必備文件，向海關辦理通關手續。
前項外銷加工廠之稅捐記帳，應依外銷品沖退原料稅辦法之規定辦理，並以海關簽放報單日期為視同出口及進口之日期。
第 31 條
前條之買賣發生退貨時，應依下列規定辦理：
一、由買賣雙方聯名繕具報單，檢附報關必備文件，於出區後三個月內向海關辦理通關手續。原出售之園區事業已領有視同出口證明者，海關應通知稅捐稽徵機關。
二、海關辦理前款手續後，核發退稅用報單副本供原購買廠商辦理沖稅。
第 32 條
園區事業以保稅貨品售予同區內園區事業，買賣雙方應聯名繕具報單，檢附報關必備文件，於交易後次月十五日前，向海關辦理通關手續，並得採按月彙報方式辦理。
園區事業以保稅貨品售予其他園區之園區事業，買賣雙方應聯名繕具報單並檢附報關必備文件，向賣方海關辦理通關手續。具自行點驗進出區及按月彙報資格之園區事業，得於交易後次月十五日前，向海關辦理按月彙報。
第 33 條
園區事業以非交易行為方式，將保稅貨品交付保稅工廠、保稅倉庫、物流中心、同園區或其他科學工業園區、加工出口區、自由貿易港區之事業者，視同出口及進口，應繕具報單並檢附報關必備文件，向海關辦理通關手續。
園區事業以非交易行為方式，將保稅貨品交付其設於其他園區之分廠者，依前項規定辦理；具自行點驗進出區及按月彙報資格之園區事業，其機器、設備移轉案件，可免進倉查驗，由保稅業務人員自行點驗進出廠並依規定辦理按月彙報。
第 34 條
園區事業以其產品作為樣品或贈品，售予或贈送國內外廠商及參觀之客戶，其非屬貿易主管機關公告限制輸出入貨品項目且價值在美金二萬元以下者，依下列規定辦理：
一、售予或贈與課稅區廠商者，應繕具報單，向海關辦理通關手續。
二、寄送國外廠商者，應繕具報單依產品外銷程序，向海關辦理通關手續。
三、交與到廠參觀之國外客戶、由廠方人員或快遞業者攜帶出口、民間團體出國餽贈外賓之禮品者，應填具園區事業保稅貨品攜帶出口申請書，由海關或具有按月彙報資格園區事業保稅業務人員核對加封交國外客戶、廠方人員、快遞業者或民間團體具領出區，於出區後三十日內憑出口地海關出口證明銷案。但由園區事業保稅業務人員核放之園區事業保稅貨品攜帶出口申請書案件應於出區後三日內，報海關備查。
四、政府機關派員出國、或接待來訪外賓向園區事業購買禮品贈送外國、大陸及香港澳門地區人士者，應憑院屬一級機關證明及收據銷案。
前項第三款、第四款貨品未能銷案，亦未運回廠內者，應於銷案期限屆滿後十日內，繕具報單按出廠型態補稅。
園區事業以其原料、零組件、儀器設備交與到廠之國外客戶、廠方人員或快遞業者出口至國外測試、維修，非屬貿易主管機關公告限制輸出入貨品項目且價值在美金二萬元以下者，準用第一項第三款方式辦理。
第一項及前項之金額得由管理局會同海關依實際狀況調整公告之。
第 35 條
園區事業輸出入之貨品，數量在十件以下，每件毛重未逾二十公斤，其輸入時得填具園區事業空運或郵寄少量原料包裝加封交運進廠申請書，向進口地海關申請核准，交由該園區事業所派人員攜運進廠，並向海關辦理通關手續；以郵寄輸出時，應向海關辦理通關手續經海關驗放後交郵寄出口。但在運送中遺失者，應由園區事業補繳稅捐。
第 36 條
園區事業之成品由其他廠商或貿易商報運出口者，應依第二十八條規定辦理，其出口報單於出口後交由園區事業除帳，出口廠商不得申請退稅。
第 37 條
內銷課稅區之保稅貨品，應繕具報單，報經海關補徵進口稅捐後，始准放行出區；其屬貿易主管機關公告限制輸出入貨品項目者，須經管理局核准；屬售予課稅區廠商再加工外銷者，應另行報明並加附一份退稅用報單副本由海關驗證後逕送退稅單位，供加工外銷出口後辦理退稅。
前項內銷課稅區之貨品，發現損壞或規格、品質與原訂合約不符，須由園區事業賠償或調換者，園區事業在原貨品放行後一個月內提出申請，並檢附有關證件，經海關查明屬實者，免繳關稅。
機器、設備內銷課稅區後，運回園區修理、裝配者，應依關稅法相關規定辦理。
內銷課稅區之產品依下列方式之一課徵關稅：
一、國內有產製者，按出廠時形態完稅價格減除百分之三十後之餘額課徵進口關稅。
二、其產品為國內尚未能產製者，依所使用原料或零件課徵進口關稅。
第 38 條
前條內銷課稅區之貨品，得依第五條、第六條及下列規定辦理自行點驗進出區及按月彙報業務：
一、向海關繳納相當數額之內銷保證金，其數額得視實際需要隨時調整。
二、設置按月彙報內銷登記簿，於出廠前按出廠批數逐批登記內銷日期、品名、規格、數量、價格及預估稅額後，於保證金數額內准由園區事業先行提貨出廠。
三、園區事業應於次月十五日以前，將上月內銷貨品彙總繕具報單辦理補稅。
第 39 條
經廢止進駐核准之園區事業自國外進口，或向課稅區及其他保稅區之廠商購買免徵進口稅捐、貨物稅及營業稅之機器、設備、原料、物料、燃料、半製品、樣品及經核准兼營貿易之成品，於移運課稅區時，應依本條例第二十二條之規定課徵進口稅捐、貨物稅及營業稅。
第 四 章 保稅貨品報廢、失竊、借料、除帳
第 40 條
園區事業在生產過程中所產生之副產品、廢品、下腳等，均應按類別、性質依序儲存於倉庫或經管理局及海關認可之地點，屬半製品之廢品，並應分別列明以備查核。
前項所稱廢品，係指園區事業所有不堪使用之機器、設備、零組件或材料，其本身事業不能利用者；或未經製造過程，仍屬資產之一部分者；或其產品及設備因災害受損，本身事業不能利用，仍屬資產之一部分者。
第一項所稱下腳，係指園區事業在其製造過程中，所殘餘之渣滓、廢料，且該事業不能利用者；或非經產製過程所積存之渣滓、廢料、包裝從物，且不屬於資產之一部分者。
第 41 條
前條副產品、廢品、下腳等之報廢，應依下列規定處理：
一、有利用價值部分：由園區事業事前向管理局申請專案核准，並會同海關、稅捐稽徵機關現場監毀。屬貿易主管機關公告限制輸出入貨品項目者，園區事業應另向管理局申請許可證，經海關依關稅法有關規定核定完稅價格計徵稅捐後，由園區事業補稅提領出區；上述作業園區事業得經管理局核准，以預估每年處理監毀數量，依其剩餘價值事先補稅。園區事業於海關及管理局監毀後，得在預先補稅額度內准予提領出區。
二、無利用價值部分：由管理局或委託專業機構會同海關監毀。
前項廢品、下腳等，其未在用料清表用料量中另列有損耗率或未經核准者，得核實沖銷保稅原料帳。
經核准處理之廢品、下腳等，園區事業應依據廢棄物清理法之規定處理。
第一項報廢銷毀案件，其經海關認證為安全認證優質企業之園區事業，經向管理局申請核准後得免監毀。
第 42 條
園區事業存倉過程中之保稅貨品遭受失竊而致短少，經向警察機關報案取得證明文件並報請海關查明屬實者，應自失竊之翌日起三個月內補稅除帳；如有特殊情形，報經海關核准者，得申請提供保證金暫免補稅，最長不得超過六個月。期滿後仍未找回者，由海關逕以保證金抵繳稅款結案，找回之部分，海關應將保證金退還。
第 42-1 條
園區事業存倉過程中之保稅貨品屬觀賞水族動物者，因貨品之性質有殘食致無屍體殘骸情形而短少，且其短少部分在一定合理比率範圍內，園區事業得向海關申請核准除帳。
前項觀賞水族動物因殘食致無屍體殘骸情形而短少之合理比率範圍，由主管機關公告之；修正時，亦同。
第一項觀賞水族動物因貨品之性質有死亡情形且有屍體殘骸者，園區事業應向管理局申請派員監毀，並得向海關申請核實除帳。
第一項觀賞水族動物送各檢疫機關進行檢疫時，憑各相關機關核發之文件核實除帳。
第 43 條
園區事業間借入、借出及歸還原料、物料、燃料、半製品、成品，應由雙方聯名填具園區事業借入（出）原料、物料、燃料、半製品、成品申請書，向海關申報辦理驗放及進（出）廠手續，並由各該園區事業點收或歸還銷案後登入帳冊。
前項案件得依第五條及第六條規定，辦理自行點驗進（出）廠，並於進（出）廠五日內檢送園區事業借入（出）原料、物料、燃料、半製品、成品申請書向海關報備。
前二項由園區事業借出之原料、物料、燃料、半製品或成品，應自借出之日起三個月內歸還，逾期不還或未向海關銷案者，應即依第三十二條規定補辦通關及轉帳手續，其情節重大者，並得停止受理雙方園區事業借出入案件之申請半年。
第 五 章 保稅貨品委託及受託、互託加工
第 44 條
園區事業之原料或半製品運往加工出口區、保稅工廠、科學工業園區、自由貿易港區、課稅區、其他園區事業加工者，須因其缺乏加工研究過程中所需技術或機械設備，致其成品所需部分零件或組件須委託園區保稅範圍外加工，其原料、半製品應屬准許進口類貨品，且受委託加工之對象，以依法組織之研究機構或已辦妥工廠登記之工廠為限。
園區事業自國外進口或自其他保稅工廠、加工出口區區內事業、科學工業園區園區事業、自由貿易港區自由港區事業及農業科技園區園區事業購買之保稅貨品，得向管理局申請核准，直接運至加工廠進行委託加工。
園區事業申請委託加工須檢附合約書或經委、受託加工雙方簽署之訂單、加工廠商之公司與工廠登記證明文件、加工前後之樣品或圖說、加工過程及所使用或添加之原料，向管理局申請核准；委託加工案件之申請，得以電子文件方式辦理之。
園區事業依前項申請委託加工案件，如尚未確定數量及價值，得暫不提供，並應於半年內補報實際數量及價值；屆期未補報者，管理局得暫停受理次一申請案件。
園區事業依第三項申請委託加工其原料或半製品需運往區外時，應填具經海關驗印之園區事業原料運出區外加工及加工品運回進廠存倉紀錄卡，向海關辦理出區手續；加工品運回園區時，應逕於紀錄卡上辦理銷案手續。
前項委外加工案件，加工廠所添加之原料不得申請退稅。但加工廠為科學工業園區園區事業、加工出口區區內事業、自由貿易港區自由港區事業、保稅工廠或其他園區事業屬保稅廠商者，得申請除帳。
運往加工出口區、保稅工廠、科學工業園區、自由貿易港區、課稅區、其他園區事業之原料或半製品，以委託加工至零件或組件為限。但情形特殊者，得向管理局申請核准加工至成品。
園區事業以自己名義由加工廠商或設立於其他關區之分廠處直接出口加工品者，應檢具出口地海關核發之報單副本向海關銷案。
代園區事業加工之廠商應設置專區存儲保稅原料及加工品，並應設置帳卡隨時記錄保稅貨品之存入、領出及結存數量，以備海關查核。
第三項及第五項之案件經海關核准以電子資料處理者，應將使用之號碼序號先向海關申請核備，並將進出廠有關資料，依規定期限輸入建檔，且按月印製替代加工紀錄卡之表報，於次月二十日前印妥備查。
運往加工出口區、保稅工廠、科學工業園區、自由貿易港區、課稅區、其他園區事業加工，加工期間之計算，以經管理局核准日起一年內為限；期滿應即運回，加工逾期未運回者，應於期滿後十日內繕具報單補稅。
第 45 條
園區事業自備之保稅模具得經管理局核准後運出區外，供委託加工之加工廠或跨關區另設之分廠使用；其申請方式及期限準用前條委外加工之規定辦理之。
第 46 條
區外廠商以其原料或半製品委託園區事業加工，園區事業應檢附委託加工合約書或訂單，委託加工廠商之設立登記證明文件、加工前後之樣品或圖說、加工過程及所使用或添加之原料，向管理局申請核准。
前項加工用原料或半製品進區時園區事業應填具園區事業代加工原料進區申請書；加工品出區時應填具園區事業代加工品出區申請書，辦理出區手續。
園區事業受託加工，須添加保稅原料者，於加工品出區時，應繕具報單，向海關辦理通關手續。
第二項及前項案件之申請書，經海關核准以電子資料處理者，應將使用之號碼序號先向海關申請核備，將進出廠有關資料，依規定期限輸入建檔，並按月印製替代申請書之表報，於次月二十日前印妥備查。
第 六 章 保稅貨品入、出區
第 47 條
園區事業依本條例第二十二條規定進口之機器、設備，因修理、檢驗、組裝測試，須輸往課稅區者，應經管理局核准後，向海關辦妥出區手續，並應在管理局核准期限內運返園區後，向海關辦理銷案手續。
園區事業之保稅貨品運往區外委託代為修理、檢驗或組裝測試者，應填具農業科技園區保稅貨品運出區修理、檢驗或組裝測試申請書報請海關審核並繳納稅款保證金後放行出區。
前項運往區外之保稅貨品屬機器、設備價值逾海關核定限額者，應經管理局核准後向海關申請出區，或經由海關直接將申請書以電子資料傳輸管理局，經管理局核准後傳輸海關申請出區。
第一項保稅貨品，如價值未逾海關核定限額者，得免繳保證金逕憑生產性貨品出區放行單申請出區，並得依第五條及第六條規定，辦理自行點驗進、出區。
第 48 條
前條保稅貨品修理、檢驗或組裝測試後，應於出區後六個月內運回，運回區內時應填具園區事業出區保稅貨品運回進廠申請書，向海關辦理銷案及退還保證金手續。未依限運回者，應於期滿後十日繕具報單補稅。
前項出區之保稅貨品，如情形特殊不能於期限運回者，應檢具區外受理廠商或他關區分廠書面資料，於期限屆滿前提出申請，經海關查明屬實後，始准展延。但機器、設備應經管理局同意，且合計期限不得超過一年。
第 49 條
園區事業產品出區展示，應填具園區事業產品出區展示申請書報請海關審核並繳納稅款保證金後放行出區。出區展示產品運回時，應填具園區事業出區展示產品運回進廠申請書向海關辦理銷案手續。
前項產品價值未逾海關核定限額者得免繳保證金逕憑生產性貨品出區放行單向海關申請出區手續，並得依第五條及第六條規定，自行點驗進、出區。
產品出區展示時間不得超過六個月，情形特殊者，得於期限屆滿前申請展期，合計期限不得超過一年，期滿即應運回，未依期限運回者，應於期滿後十日繕具報單補稅。
第 50 條
由課稅區輸入園區保稅範圍之貨品，其不申請減免或退稅者，得免辦手續入區。
園區事業購進機器，日後有退回、調換或運返課稅區者，於運返課稅區時，由該園區事業填具農業科技園區生產性機具貨品出區放行單出區。
第 51 條
園區事業由國外或課稅區輸出入物資，應依有關規定向管理局申請輸出入許可證。
園區事業以海運或空運輸入貨品時，管理局得要求港務或機場主管機關同意船邊或機邊提貨，不另收取倉儲費用。
第 52 條
園區事業申請輸往課稅區或自課稅區輸入之貨品，其屬貿易主管機關公告限制輸出入貨品項目者，應由課稅區業者向貿易主管機關申請核發輸出入許可證。
第 53 條
園區事業輸出貨品，應於貨品本身或內外包裝上標示產地，其標示方式應具顯著性及牢固性。但因貨品特性或包裝情況特殊致無法依據規定標示者，得向管理局申請專案核准。
第 七 章 生產性貨品出區
第 54 條
本辦法所稱生產性貨品，指與園區事業產製過程中有直接關聯或類似貨品，包括機器、設備、原料、物料、燃料、半製品及成品等。
第 55 條
園區事業生產性貨品出區放行（證明）單分為下列二類：
一、已取得自行點驗進出區及按月彙報業務資格之園區事業，貨品攜運出區時，保稅業務人員應開具自行點驗生產性貨品出區放行單簽發出區；非保稅貨品得由專職人員開具生產性貨品出區證明單簽發出區。
二、未取得自行點驗進出區及按月彙報業務資格之園區事業，保稅貨品攜運出區時，由專職人員開具生產性貨品出區證明單，並經海關驗印後放行；非保稅貨品得直接由專職人員開具生產性貨品出區證明單簽發出區。
園區事業依前項規定，攜運生產性貨品出廠（庫）時，應由園區事業所屬警衛或專職人員核對無訛後放行。
園區事業攜運第一項貨品通行園區門崗遇值勤保安警察攔檢時，應提示單證以供辨識、查對。
園區事業非生產性貨品出區應由專職人員自行控管、簽放，非園區事業之貨品，得自由流通免辦出區放行手續。
本條文有附件 第 56 條
園區事業未具自行點驗進出區及按月彙報資格者，應檢具申請書（附表三）向管理局申辦生產性貨品出區證明簽發章，自行簽發生產性貨品出區證明單；其屬保稅貨品，仍應送請海關核准後放行。
第 57 條
園區事業依前條向管理局申辦登錄之生產性貨品出區證明簽發章遺失、毀損或人員異動時，應辦理變更登記後始具效力，如擅以其他印章替代，經主管機關查獲者，除該批貨品不准出區外，園區事業須辦妥變更登記手續後，始准其自行簽發出區單證。
第 58 條
園區事業攜運生產性貨品出廠（庫）時，應詳實開立、填記生產性貨品出區放行（證明）單，俾便通行門崗值勤保安警察辨識或查對。單證內容更正時應由園區事業保稅業務人員或專職人員簽署。
第 59 條
進出園區之車輛通行各門崗時，無論有無攜運貨品，值勤保安警察得採辨識方式或查對無誤後放行出區。
在園區內尚未設置崗哨之保稅範圍，得由值勤保安警察採不定時、不定點實施週邊出入口攔檢方式辦理之。
第 60 條
園區事業簽發之生產性貨品出區放行（證明）單，除保稅貨品自簽發之日起四日內有效外，非保稅或免稅貨品有效期間以九十日為限，但期限屆滿之日逢國定及星期例假日得順延之。
第 八 章 附則
第 61 條
為促使園區事業確實依規定辦理有關保稅業務，海關得定期或不定期派員赴園區事業稽核保稅帳冊、倉儲情形、委託加工、受託加工、保稅貨品出區放行單及其他保稅業務。
第 62 條
本辦法自發布日施行。