保稅倉庫設立及管理辦法
民國 111 年 9 月 23 日
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第 一 章 總則
第 1 條
本辦法依關稅法第五十八條第四項規定訂定之。
第 2 條
經海關核准登記供存儲保稅貨物之倉庫為保稅倉庫，其設立及管理，依本辦法規定辦理。本辦法未規定者，適用其他相關法令之規定。
申請登記為完全存儲自行進口保稅貨物、自行向國內採購保稅貨物、供重整用貨物、供免稅商店或離島免稅購物商店銷售用貨物之保稅倉庫，為自用保稅倉庫，不得存儲非自己所有之貨物。
第 3 條
保稅倉庫得存儲下列貨物：
一、一般貨物。
二、供經營國際貿易之運輸工具專用之物料及客艙用品。
三、供經營國際貿易之運輸工具專用之燃料。
四、修造船艇或飛機用器材。
五、礦物油。
六、危險品。
七、供檢驗、測試、整理、分類、分割、裝配或重裝之貨物（以下簡稱重整貨物）。
八、修護貨櫃或貨盤用材料。
九、展覽物品。
十、供免稅商店或離島免稅購物商店銷售用之貨物。
十一、其他經海關核准存儲之物品。
第 4 條
保稅倉庫不得進儲下列物品：
一、關稅法第十五條規定不得進口之物品。
二、毒品、管制藥品。
三、槍械、武器、彈藥及爆炸危險物。
四、舊車零組件、廢鐵、廢五金、有害事業廢棄物、醫藥報廢物及其他廢料。
五、管制輸入貨品。
六、未經檢疫合格之動、植物或其產品。
七、未取具相關主管機關同意文件之下列物品：
（一）毒性化學物品、氯氟烴（HCFCs） 等列管化學品。
（二）放射性物品。
（三）輸往管制地區之特定戰略性高科技貨品。
（四）存儲期間可能產生公害或環境污染之貨物。
（五）保育類野生動物或其產製品。
（六）鑽石原石。
（七）其他經相關主管機關公告須取具同意輸入文件之物品。
八、其他經財政部公告不適宜存儲保稅倉庫之貨物。
保稅倉庫存儲自國內採購之貨物適用前項之規定。
第 二 章 設立
第 5 條
設立保稅倉庫，應具備下列條件：
一、實收資本額在新臺幣二千萬元以上之股份有限公司。但政府機關、公營事業及經財政部專案核准者，不在此限。
二、經主管機關核定得作為倉庫使用之建築物，並視其存倉貨物之性質，具有防盜、防火、防水、通風、照明或其他確保存倉貨物安全與便利海關管理之設備及適當之工作場所。
三、倉庫出入口應設置效能正常、具備提供海關隨時調閱查核功能、二十四小時錄影及存檔三十日以上之監視系統。但設立於港口機場管制區內以儲存大宗或種類單純裸裝貨物之業者，得經海關核准免設置。
四、設置電腦及相關連線設備，以電腦連線或電子資料傳輸方式處理貨物通關、帳務處理及貨物控管等有關作業。但設於國際航空站管制區內，僅供旅客寄存行李之保稅倉庫及專供儲存航材用品之保稅倉庫不在此限。
經依第二十二條規定申請核准存儲貨物之露天處所，應與外界有明顯之區隔。但設置於國際港口、國際機場之管制區內者，不在此限。
第 6 條
保稅倉庫應在港區、機場、科技產業園區、科學園區、農業科技園區、鄰近港口地區或經海關核准之區域內設立。
本條文有附件 第 7 條
申請設立保稅倉庫，應備具下列文件向所在地海關登記：
一、申請書：應載明申請者之名稱、地址、負責人姓名、住址、身分證統一編號及電話號碼、公司統一編號、倉庫地點、建築構造及倉內佈置（附圖說明）、保稅倉庫擬存儲貨物之種類。
二、保稅倉庫建築物使用執照、所有權狀及其影本；如係租賃者，應另檢附租賃契約與其影本及建物所有權人承諾書，載明同意該保稅倉庫經廢止登記時，其保稅貨物可繼續存放倉庫至少六個月，以供海關處理保稅貨物。但設置於國際港口、國際機場之管制區內者，免檢附前開建物所有權人承諾書。
三、須使用倉庫露天處所者，應另備具倉庫露天處所平面圖與其使用權證件及其影本。
四、保稅倉庫自行審查表（如附表）。
申請設立存儲第三條第二款貨物之保稅倉庫者，以輪船公司、航空公司或其委託之運輸工具所屬業者為限。
申請設立存儲第三條第六款危險品之保稅倉庫，應另檢附當地消防機關或有關主管機關出具對設置地點及庫內安全設備之同意文件。
申請設立存儲第三條第七款辦理重整貨物之保稅倉庫，應另檢送所需使用之設備清單。
申請設立存儲第三條第九款展覽物品之保稅倉庫，應另檢送陳列展覽物品辦法或展覽計畫書。
第 8 條
海關對於保稅倉庫設立之申請，認有不合本辦法之規定者，應限期改正，未經改正前，不予核准登記。
第 9 條
經核准登記之保稅倉庫，由海關發給執照，並每兩年依第七條規定辦理校正一次。
本辦法中華民國一百十年一月十一日修正施行前已核准登記之保稅倉庫辦理校正時，海關得依原核准登記時之規定辦理，其於本辦法九十二年六月二十七日修正施行前已核准登記者，並應就第五條第一項第二款有關防盜、防火、防水、通風及照明等安全設備實地勘查。
保稅倉庫登記事項之變更，應於辦妥變更登記之翌日起三十日內檢附有關證件影本，向監管海關辦理換照手續。但實收資本額增加，得於前開期限內，以書面向監管海關報備以代替換照。
前項登記事項之變更，係變更保稅倉庫地點或面積者，應於變更前先報請監管海關核准；實收資本額減少者，應於主管機關核准變更登記前向監管海關報備。
第 10 條
經核准登記之保稅倉庫，其執照費及執照遺失申請補發之補照費，依海關徵收規費規則徵收之。
第 11 條
經核准設立之保稅倉庫，應向海關繳納保證金新臺幣三十萬元。但政府機關或公營事業設立者，不在此限。
保稅倉庫經核准自主管理且設立營業滿三年者，保證金為新臺幣三百萬元，未滿三年者，保證金為新臺幣六百萬元。但在管制區或經海關核准自主管理之貨櫃集散站內之保稅倉庫，保證金為新臺幣三十萬元。
自用保稅倉庫存倉保稅貨物涉及之稅費，加計售與課稅區廠商按月彙報先行出倉之貨物涉及之稅費，其金額超過前項規定之保證金額度者，保稅倉庫業者應主動提供足額保證金。
前項自用保稅倉庫專供儲存免稅商店或離島免稅購物商店銷售之貨物者，其保證金準用第二項規定。
市區免稅商店或免稅商店設有預售中心者，其自用保稅倉庫保證金為新臺幣二千萬元。但其預售中心未存儲保稅貨物者，準用第二項規定。
前五項保證金之提供依關稅法第十一條規定辦理。
第 12 條
保稅倉庫符合貨棧貨櫃集散站保稅倉庫物流中心及海關指定業者實施自主管理辦法規定，且實收資本額在新臺幣五千萬元以上者，得向海關申請核准實施自主管理。
自用保稅倉庫之設立，應具備自主管理條件始得申請核准登記。
保稅倉庫專供存儲修造飛機用器材者，其申請自主管理，得不受第一項實收資本額規定之限制。
第 13 條
經核准設立之保稅倉庫，非經海關許可，不得自行停業。
第 三 章 管理
第 14 條
保稅倉庫之監管海關得派遣關員定期或不定期前往保稅倉庫稽核保稅貨物。
貨物進出保稅倉庫，應在海關規定之辦公時間內為之。但經海關核准實施自主管理之保稅倉庫或有特殊情形經海關核准者，不在此限。
第 15 條
保稅倉庫應指定至少二名正職人員辦理有關保稅事項，其中一名應為保稅業務主管級人員，並向海關報備。
第 16 條
外貨進儲保稅倉庫，應由收貨人或提貨單持有人填具外貨進儲保稅倉庫申請書，由倉庫業者憑電腦放行通知或進儲准單會同監視關員核對標記及數量無訛後進倉。但專供飛機用之燃料、物料、客艙用品或修護器材，得經海關核准先行卸存保稅倉庫，於進倉之翌日起三日內補辦進儲手續。
存儲保稅倉庫之貨物，海關認有必要時，得查驗之。
第 17 條
自用保稅倉庫自科技產業園區、科學園區及農業科技園區區內保稅倉庫以外之事業、保稅工廠、自由貿易港區或物流中心購買保稅貨物，應由買賣雙方聯名填具報單，檢附報關必備文件向海關申報，憑電腦放行通知或進儲准單進儲。
自用保稅倉庫自課稅區廠商購買供重整用之貨物，應由買賣雙方聯名填具報單，檢附報關必備文件向海關申報，憑電腦放行通知或進儲准單進儲。
第 18 條
自用保稅倉庫自保稅工廠、科學園區、農業科技園區、科技產業園區、物流中心、自由貿易港區、其他自用保稅倉庫及課稅區廠商購買貨物，得向海關申請按月彙報，經核准者，應先依第十一條第三項規定提供足額保證金，並於保證金額度內憑交易憑證點收進倉登帳，於次月十五日前彙總填具報單辦理通關手續，並以報單放行日期視為進出口日期。
前項由課稅區廠商售與自用保稅倉庫之保稅貨物，在未補辦通關手續前不得出倉，如有先行出倉之必要者，應留存貨樣，以供報關時查核。
第 19 條
已繳稅進口之貨物或國產貨物進儲供展覽物品之保稅倉庫參展時，應檢具清單，附加標記，列明廠牌、貨名、規格數量，報經海關監視關員會同倉庫業者核對無誤後進倉。參展完畢退運出倉時，應持憑原清單報經海關監視關員會同倉庫業者核對無誤後出倉。
未繳稅貨物參展完畢申請轉入同一關區之保稅倉庫儲存時，應依第四十七條規定辦理轉儲手續。
第 20 條
保稅倉庫進儲貨物如有溢卸、短卸情事，保稅倉庫業者應於船運貨物全部卸倉之翌日起七日內；空運貨物應於全部卸倉之翌日起三日內；以貨櫃裝運之進口貨物應於拆櫃之翌日起三日內，填具短卸、溢卸貨物報告表一式二份，送海關查核。
第 21 條
保稅倉庫存儲之貨物應將標記朝外，按種類分區堆置，並於牆上標明區號，以資識別。但保稅倉庫存儲之展覽品，報經海關核准者，不在此限。
經海關核可之電腦控管自動化保稅倉庫得不受前項之限制，其貨物應以每一棧板為單位分開堆置，並於貨架上標明區號以資識別。但同一棧板上不得放置不同提單之貨物。
保稅倉庫經核准辦理重整業務者，應將重整前後之貨物，以不同倉間分別存儲。但經海關核准實施自主管理之保稅倉庫，得在同一倉間分區堆置。
第 22 條
貨物之包件過重或體積過大或有其他特殊情形者，得經海關核准，存儲保稅倉庫之露天處所，其安全與管理，仍由倉庫業者負責。
前項露天處所須鄰接已登記之倉庫。但鄰接之土地如因政府徵收而被分割者，不在此限。
第 23 條
依第十六條規定存儲保稅倉庫之保稅貨物申請出倉進口者，依下列規定辦理：
一、完稅進口貨物，應由貨物所有人或倉單持有人填具報單，檢附報關必備文件，向海關申報，倉庫業者憑電腦放行通知或出倉准單會同監視關員核對標記及數量相符後出倉。
二、供應科技產業園區區內事業、科學園區園區事業、農業科技園區園區事業或保稅工廠之貨物，由貨物所有人或倉單持有人檢附報關必備文件，向海關申報，倉庫業者憑電腦放行通知或出倉准單會同監視關員核對標記及數量相符後出倉。
第 24 條
依第十六條及第十七條規定進儲自用保稅倉庫之保稅貨物，申請出倉時，依下列規定辦理：
一、售與課稅區廠商之貨物出倉視同進口，應由倉庫業者填具報單，檢附報關必備文件向海關申報，並按出倉形態徵稅後，憑電腦放行通知或出倉准單辦理提貨出倉。
二、售與科技產業園區區內事業、科學園區園區事業、農業科技園區園區事業或保稅工廠之貨物，應由買賣雙方聯名填具報單，檢附報關必備文件向海關申報，憑電腦放行通知或出倉准單辦理提貨出倉。
三、申請出倉出口貨物，應由倉庫業者填具報單，檢附報關必備文件向海關申報，並憑准單核對標記及數量相符後出倉，運送至出口地海關辦理通關手續；其貨物由其他廠商或貿易商報運出口者，由報運出口人另於出口報單上載明「本批貨物由○○保稅倉庫供應，除該保稅倉庫得申請除帳外，出口廠商不得申請退稅」字樣，並於出口後將出口報單副本交由倉庫業者除帳。
四、申請出倉移至免稅商店、預售中心、提貨處或離島免稅購物商店之貨物，應繕具「移倉申請書」，檢附裝箱單，傳輸「移倉申請書」至關港貿單一窗口，經系統回應紀錄有案憑以移運，經監視關員核對無訛加封或押運。
五、貨物以郵遞出口者，應依第十一條第三項提供足額保證金，且於貨物出倉前重整為符合郵包限制之尺寸、重量並於外箱貼妥發遞單後，將發遞單號碼填載於裝箱單及出口報單。但屬第四條第一項第七款所列示之物品及菸酒者，不得辦理郵寄。
第 25 條
自用保稅倉庫將保稅貨物售予保稅工廠、科學園區、農業科技園區、科技產業園區、物流中心、自由貿易港區、其他自用保稅倉庫及課稅區廠商，得向海關申請按月彙報，經核准者，應先依第十一條第三項規定提供足額保證金，並於保證金額度內憑交易憑證提貨出倉並登帳，於次月十五日前彙總填具報單辦理通關手續，並以報單放行日期視為進出口日期。
自用保稅倉庫申請按月彙報者，應依下列規定辦理：
一、以電腦控管出倉紀錄並供海關線上即時查核，於貨品出倉前按出倉批數逐批登記出倉日期、貨名、規格、數量及預估稅額。
二、應留存貨樣，以供報關時查核。但依規定免取樣者，不在此限。
第 26 條
依第十七條及第三十六條第一項、第二項規定進儲保稅倉庫之保稅貨物發生退貨時，依下列規定辦理：
一、退回課稅區之貨物，應由買賣雙方聯名填具退貨申請書，報經海關核准，填具報單，向海關申報。
二、退回科技產業園區、科學園區、農業科技園區、保稅工廠、自由貿易港區或物流中心之貨物，應由買賣雙方聯名填具報單，向海關申報。
第 27 條
外貨或國產保稅貨物進倉，保稅倉庫應簽收貨櫃（物）運送單（兼出進站放行准單）（以下簡稱運送單），並將已簽章之運送單簽收聯回傳起運地點。
保稅倉庫存儲之保稅貨物憑電腦放行通知、出倉准單或交易憑證申請出倉時，應開立運送單。
保稅貨物出倉出口或運往保稅區，保稅倉庫接獲回傳之運送單簽收聯時，應辦理核銷備查。
前項情形，保稅倉庫未接獲回傳之運送單簽收聯時，應聯繫追蹤確認貨物運抵目的地時間，並註記於存查聯。
保稅貨物進倉資料已登錄於貨櫃（物）動態資料庫或經海關派員押運者，得免依前項規定辦理。
運送單及交易憑證，應保留其存查聯，以備海關查核。
第 28 條
保稅倉庫存儲之外貨出倉進口後，發現品質、規格與原訂合約不符，由原保稅貨物所有人或倉單持有人負責賠償或調換者，應由買賣雙方聯名填具退貨申請書，報經海關核准，其免徵關稅準用關稅法第五十一條規定辦理。
存儲保稅倉庫之外貨供應科技產業園區或科學園區、農業科技園區、保稅工廠，退貨再存儲者，其二年期限之起算日期應自該批貨物原進儲時起算。
第 29 條
保稅倉庫存儲之貨物報關進口，除供應保稅工廠、科技產業園區區內事業、科學園區園區事業或農業科技園區園區事業應依有關規定辦理者外，應依照一般進口貨物之完稅期限繳納稅捐，如不依限繳納，應依關稅法第七十四條規定辦理。
第 30 條
保稅倉庫存儲之外貨，申請出倉退運出口者，由貨物所有人或倉單持有人填具保稅貨物退運出口申請書，向監管海關申請核發出倉准單並向出口地海關報關，倉庫業者憑准單會同監視關員核對標記及數量相符後，准予提貨出倉，由海關派員押運或監視加封運送至出口地海關辦理通關放行手續。
第 31 條
本辦法所規定海關監視關員辦理事項，在自主管理之保稅倉庫，得由保稅專責人員辦理。但須押運之貨物，仍應由關員辦理。
第 32 條
經營國際貿易之運輸工具專用燃料、物料之保稅倉庫，為供應其所屬公司之輪船或飛機行駛國際航線使用燃料、物料，由輪船公司、航空公司或其委託之運輸工具所屬業者填具報單，送由海關核發准單後，派員押運或監視加封裝上船舶或航空器。但專供飛機用之燃料、物料或修護器材，得經海關核准先行出倉裝機，於出倉之翌日起三日內補辦出倉手續。
經海關核准專供航行國際航線飛機用品之保稅倉庫，其存倉物品為應其所屬航行國際航線飛機之頻繁提用，除特殊情形經海關責令仍應依航機班次以逐批申報方式通關外，得先行申辦退運出口手續，在未裝機退運出口前應依海關規定置於放行貨物倉間，仍受海關監管，得酌情不加聯鎖。但應憑理機關員簽證實際使用數量，按月列報海關。
依前項規定置於放行貨物倉間之機上販售商品（含菸酒），自最初進儲保稅倉庫之日起算二年內未售出者，業者應於期間屆滿前另填具報單申報回儲保稅倉庫。
第二項保稅倉庫儲存之修造飛機用物料，得向海關申請核准辦理外修，並由業者填具切結書，期間以六個月為限。但因事實需要，期限屆滿前得向海關申請延長，展延期限不得超過六個月，並以一次為限。
第一項供國際航線修造飛機之物料售與（含視為銷售）因維修需求之國內航空業者，該物料所屬之保稅倉庫如係經海關核准自主管理之保稅倉庫，得准按月彙報，先憑交易憑證提貨出倉並登帳，於次月十五日前彙總填具報單辦理通關手續。
第 32-1 條
專供航行國際航線飛機用品之自主管理保稅倉庫業者，應建置放行貨物倉間電子化帳務系統管理客艙用品（不包含自機上卸載無整補需求而以封條加封者），供海關隨時連線查核。
第 33 條
由保稅倉庫提領貨櫃修護材料出倉以供修護貨櫃之用時，除應填具報單外，並應填具貨櫃修護明細表一式三份，向海關報明下列事項，經核明發給准單，於繳納稅款保證金或由授信機構擔保應繳稅款後，暫提出倉：
一、待修貨櫃之種類、標誌、號碼及進口日期。
二、所需修護材料名稱、數量、規格及出倉報單號碼。
三、修理之內容、場所及預定完工日期。
四、因修理拆下舊料之名稱、數量及處理方法。
暫提出倉之修護材料於貨櫃修護完工報經海關查核無訛者，視同退運出口，退還所繳保證金或沖銷原擔保稅款額度。其修護之工作期間以一個月為限，如有特殊原因得申請延長一個月，逾期未能完工者，以保證金抵繳稅款或向授信機構追繳其進口稅捐（費）。
存儲貨櫃修護材料之保稅倉庫與貨櫃修護廠設立在港區內之同一地點者，得請領一定期間使用量之修護材料於繳納保證金後暫提出倉，存入修護廠內自行保管使用，但應按日填報貨櫃修護材料使用動態明細表一式三份，列明每日耗用量及結存量等，經海關關員核對無訛予以簽證後，於原核定使用量之範圍內再辦理報關提領補充，免予另行繳納保證金。如使用之貨櫃修護材料減少，可將減少之材料詳列清單，載明材料名稱、數量，申請核退溢繳之保證金。
依前項規定暫提出倉存入修護廠內自行保管使用之修護材料，其修護工作期間不受第二項規定之限制，但必要時海關得隨時派員抽查。
修理貨櫃所拆下之舊料應退運出口，其不退運出口者，應補繳進口稅捐或報請海關監視銷毀。
第 34 條
保稅貨物得依下列方式辦理重整：
一、檢驗、測試：存倉貨物予以檢驗、測試。
二、整理：存倉貨物之整修或加貼標籤。
三、分類：存倉貨物依其性質、形狀、大小顏色等特徵予以區分等級或類別。
四、分割：將存倉貨物切割。
五、裝配：利用人力或工具將貨物組合。
六、重裝：將存倉貨物之原來包裝重行改裝或另加包裝。
前項貨物之重整應受下列限制：
一、不得改變原來之性質或形狀。但雖改變形狀，卻仍可辨認其原形者，不在此限。
二、在重整過程中不發生損耗或損耗甚微。
三、不得使用複雜大型機器設備。
四、重整後不合格之貨物，如屬國內採購者，不得報廢除帳，應辦理退貨，如屬國外採購者，除依規定退貨調換者外，如檢具發貨人同意就地報廢文件，准予報廢除帳。
五、重整後之產地標示，應依其他法令有關產地之規定辦理。
貨物所有人或倉單持有人於保稅倉庫內重整貨物前，應向海關報明貨物之名稱、數量、進倉日期、報單號碼、重整範圍及工作人員名單，經海關發給准單後，由海關派員駐庫監視辦理重整。但經海關核准自主管理之保稅倉庫及設於科技產業園區之保稅倉庫，得免派員監視。重整貨物人員進出保稅倉庫，海關認有必要時，得依海關緝私條例第十一條規定辦理。
第 35 條
自用保稅倉庫得經監管海關核准，將保稅貨物運出保稅倉庫辦理檢驗、測試。辦理時應逐筆詳細登載貨物之名稱、單位、規格、數量及進出倉時間。必要時，海關得隨時派員查核。
供免稅商店銷售用之貨物，得依前項規定辦理維修。
第一項貨物應於三個月內運回，必要時得於期限屆滿前申請延長一次。但合計不得超過六個月。
第 36 條
保稅倉庫存儲科技產業園區區內事業、科學園區園區事業、農業科技園區園區事業、保稅工廠、物流中心或其他保稅倉庫加工、製造或重整之國產保稅貨物時，應由貨物持有人或買賣雙方聯名填具報單，檢附報關必備文件向海關申報，憑電腦放行通知或進儲准單進儲。
保稅倉庫存儲之重整貨物，其貨物所有人或倉單持有人為重整貨物，需向國內課稅區廠商、保稅工廠、物流中心、科技產業園區區內事業、科學園區園區事業或農業科技園區園區事業採購原材料、半成品或成品時，應由買賣雙方聯名填具報單向海關申報進倉。
保稅工廠售予保稅倉庫供修護貨櫃或貨盤用材料，得依前項規定辦理。
依前三項規定進儲保稅倉庫之材料，因故退出保稅倉庫者，應報請海關核發准單，經驗明無訛後放行。
第 37 條
保稅貨物於重整後申請出倉，應由下列人員辦理：
一、由貨物所有人或倉單持有人辦理。
二、國產貨物進倉與重整貨物裝配後之貨物，由重整貨物部分之貨物所有人或倉單持有人辦理。
第 38 條
保稅貨物於重整後申請出倉進口、退運出口或轉運科技產業園區、科學園區或農業科技園區，應在報單上報明貨物重整後之名稱、規格及數量等，並應申報海關核准之重整案號及檢附核准重整之文件，以供海關審核。其有使用國產貨物者，並應報明所使用國內課稅區廠商、保稅工廠、科技產業園區區內事業、科學園區園區事業或農業科技園區園區事業採購原材料、半成品或成品之名稱、數量、規格、製造廠商名稱及原報單號碼等退稅資料。
第 39 條
保稅貨物於重整後，申請出倉進口者，海關應按重整前（即進倉時）之貨物狀況准予銷帳。但應依重整後之貨物狀況核定其完稅價格、稅則號別及應否課徵貨物稅。
第 40 條
保稅貨物於重整後，申請出倉退運出口者，海關應按重整前（即進倉時）之貨物狀況准予銷帳。
前項貨物如有使用國產貨物者，應依退運出口時，貨品輸出有關規定辦理，修理貨櫃或貨盤如有使用國產貨物者亦同。
第 41 條
保稅貨物於重整後出口或修護貨櫃、貨盤完工後，其所使用之課稅區國產貨物，除已公告取消退稅之項目外，得於出口後依關稅法第六十三條規定辦理沖退稅。
專供存儲免稅商店銷售貨物之自用保稅倉庫進儲課稅區國產貨物，除已公告取消退稅之項目外，得於貨物通關放行後，由出口人向海關申請核發出口報單副本，憑以辦理沖退稅。
前項自用保稅倉庫自課稅區進儲國產貨物之退貨，應於進儲之翌日起三個月內提出申請，出口人已領有出口報單副本者，應予收回註銷或更正；其已辦理沖退稅者，應補徵已沖退稅款，並通知所屬稅捐稽徵機關。進儲逾三個月之退貨案件，其退貨手續按一般貨物進口通關程序辦理，並按該貨物進儲時形態課稅。
第 42 條
自國內提供為重整貨物所需使用之機具設備，應憑海關核發之准單，經驗明無訛後運入或運出保稅倉庫。
第 43 條
保稅貨物於重整過程所產生之損耗，經海關核明屬實者，准予核銷。
保稅貨物於重整過程中所發生之廢料，有利用價值部分，應依法徵免稅捐進口；無利用價值者，由海關監督銷毀。
第 44 條
保稅倉庫存儲之外貨於出倉出口後，海關不核發報單副本證明聯或出口證明書。
第 45 條
保稅倉庫存儲之保稅貨物，其存倉期限以二年為限，不得延長。但如係供應國內重要工業之原料、民生必需之物資、國內重要工程建設之物資或其他具有特殊理由經海關核准者，不在此限。
保稅貨物，如不在前項規定之存倉期間內申報進口或退運出口，自存倉期限屆滿之翌日起，依關稅法第七十三條第一項規定加徵滯報費，滯報費徵滿二十日，仍不申報進口或出口者，準用同條第二項規定處理。
保稅貨物存倉未滿二年，如經所有人或倉單持有人以書面聲明放棄，依關稅法第九十六條規定處理。
第 46 條
保稅貨物退運出口，如因故未能裝運，應由海關派員重行押運或監視加封進儲保稅倉庫，其存倉期限，應仍自最初進儲保稅倉庫之日計算之。
第 47 條
保稅倉庫存儲之保稅貨物，有下列情形之一者，得轉儲其他保稅倉庫、自由貿易港區或物流中心，由原進儲人或買賣雙方聯名填具保稅貨物轉儲其他保稅倉庫、自由貿易港區或物流中心申請書向海關申請辦理：
一、運往物流中心、自由貿易港區或轉儲國內其他通商口岸保稅倉庫者。
二、售與自用保稅倉庫者。
三、自用保稅倉庫出售之外貨。
四、保稅倉庫廢止登記停止營業者。
五、發生不可抗力之天災，如浸水、山崩、颱風致有損壞存儲之保稅貨物或可預見其發生之可能者。
六、原進儲人自行設立保稅倉庫者。
七、其他特殊情況者。
前項第四款至第七款情形，如係轉儲同一通商口岸之其他保稅倉庫者，應事先申請海關核准。
第一項保稅貨物如係重整後申請出倉轉儲者，應於報單申報貨物重整後之名稱、規格、數量及海關核准之重整案號，並應檢附核准重整之文件，以供海關審核。
第 48 條
保稅貨物於保稅倉庫間轉儲，其存倉期限，應自最初進儲保稅倉庫之日起算。
自保稅倉庫轉儲物流中心或自由貿易港區之保稅貨物再轉儲至保稅倉庫者，其存倉期限，應自最初進儲保稅倉庫之日起算。
第 49 條
保稅貨物在存儲保稅倉庫期間，遭受損失或損壞者，準用關稅法第五十條及同法施行細則第三十九條規定辦理。
第 50 條
保稅貨物如須檢查公證或抽取貨樣，由貨物所有人或倉單持有人向海關請領准單，倉庫業者憑准單會同關員監視辦理。其拆動之包件，應由申請人恢復包封原狀。
第 51 條
保稅倉庫業者應依海關規定，設置存貨簿冊經海關驗印後使用，對於貨物存入、提出、自行檢查或抽取貨樣，均應分別詳實記載於該簿冊內。海關得隨時派員前往倉庫檢查貨物及簿冊，必要時，得予盤點，倉庫業者及其僱用之倉庫管理人員應予配合。
前項倉庫業者因登帳所需之進倉或出倉貨物之報單號碼、報單別、項次、貨名、數量、單位等資料，存倉或出倉申請人應據實提供。
保稅倉庫經核准辦理重整業務者，依第一項規定設置簿冊，應按國外進口貨物、國產保稅貨物、其他非保稅貨物及重整後成品貨物，分別設置存貨帳冊。
保稅倉庫存儲展覽物品依第一項規定設置之簿冊，應詳列各項參加展覽物品之參展廠商、貨名、規格、數量等資料，並註明展示陳列位置，以備查核，但展覽期限短暫，參展貨物繁多者，得向海關申請，以核發之進口報單副本按序裝訂成冊代替。
保稅貨物進出保稅倉庫，應於進、出倉之翌日起二日內登列有關帳冊。
第 52 條
保稅倉庫之帳冊、表報、進出倉單據，得經監管海關同意，以電腦處理。但應按月印製替代存貨簿冊之表報，於次月二十日以前報請海關驗印備查。
保稅倉庫以電腦連線方式處理其帳務及貨物控管，可供海關遠端查核者，其帳冊、表報、進出倉單據得免報請海關驗印。
前二項之表報及帳冊得經監管海關核准，以電子媒體儲存。
第 53 條
保稅倉庫存儲之貨物應由倉庫業者負保管責任，如有損失，除依第四十九條規定辦理者外，倉庫業者應負責賠繳應納進口稅捐（費）。
存倉貨物之是否保險，對業經完稅而存倉未提貨物之處置，及貨物所有人或倉單持有人與保稅倉庫業者間之其他有關事項，概與海關無涉。
第 54 條
海關依據海關緝私條例或其他規章應處理之保稅倉庫存貨，得憑海關扣押憑單隨時將存儲於倉庫之該項貨物扣存海關倉庫，保稅倉庫業者或管理人不得拒絕。
第 四 章 罰則
第 55 條
保稅倉庫業者有下列情事之一者，由海關依關稅法第八十八條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止其六個月以下進儲保稅貨物：
一、違反第四條規定進儲物品。
二、未依第十六條第一項、第十七條規定進儲。
三、未依第二十二條規定，將保稅貨物存放露天處所。
四、未依第四十二條規定，將機具設備運入或運出保稅倉庫。
第 56 條
保稅倉庫業者有下列情事之一者，由海關依關稅法第八十八條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止其六個月以下進儲保稅貨物或廢止其登記：
一、違反第五條規定。
二、未依第十一條規定提供足額保證金。
三、未依第十四條第二項規定進出貨物。
四、未依第二十三條、第二十四條、第二十六條、第三十條、第三十二條第一項、第三十三條第一項、第三十六條規定驗憑放行通知或准單提貨進出倉。
第 57 條
保稅倉庫業者有下列情事之一者，由海關依關稅法第八十八條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止其三個月以下進儲保稅貨物：
一、未依第九條第一項、第三項及第四項規定辦理。
二、未依第二十條規定期限申報短溢卸情事。
三、未依第二十七條規定辦理。
四、未依第三十二條第二項規定，憑理機關員簽證並按月列報。
五、未依第三十二條第四項規定辦理外修。
六、未依第三十二條第五項規定辦理按月彙報。
七、未依第三十四條規定辦理重整。
八、未依第三十五條規定辦理檢驗、測試或維修。
九、未依第三十八條規定報明及檢附重整貨物所需內容及文件。
十、未依第四十七條規定向海關申辦保稅貨物之轉儲。
十一、未依第五十一條第一項、第三項至第五項規定辦理帳冊管理。
十二、未依第五十二條第一項規定印製表報報請海關驗印備查。
保稅倉庫業者有前項第一款情形，如係未依第九條第四項後段規定辦理，且涉及違反第五條第一項第一款規定者，依前條第一款規定處罰。
第 58 條
保稅倉庫業者有下列情事之一者，由海關依關稅法第八十八條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止其三十日以下進儲保稅貨物：
一、未依第十五條規定指定人員辦理保稅事項。
二、未依第十九條第一項規定辦理。
三、未依第二十一條規定存置貨物。
四、未依第三十二條第三項規定辦理。
五、未依第三十二條之一規定辦理。
六、未依第五十條規定請領准單，逕行檢查公證或抽取貨樣。
第 59 條
自用保稅倉庫按月彙報案件，未依第十八條及第二十五條規定辦理者，由海關依關稅法第八十八條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止其三個月以下進儲貨物或按月彙報。
自用保稅倉庫喪失自主管理條件者，海關得依關稅法第八十八條規定，廢止其登記。
第 59-1 條
保稅倉庫如有私運或其他違法漏稅情事者，依海關緝私條例及其他有關法律之規定處理。
第 五 章 附則
第 60 條
經核准登記之保稅倉庫，應由海關及倉庫業者共同聯鎖。但經海關核准自主管理之保稅倉庫及設立於科技產業園區、科學園區、農業科技園區、國際機場與港口管制區內者，得免聯鎖。
海關對免聯鎖之保稅倉庫於必要時得恢復聯鎖或派員駐庫監管。
第 61 條
貨物進出保稅倉庫，需由海關派員往返監視起卸貨物時，如因時間急迫，得由倉庫業者、有關輪船公司或航空公司提供交通工具；如需派員常駐監視，倉庫業者應供給該員辦公處所。
前項須由海關派員監視者，倉庫業者應依海關徵收規費規則有關規定繳納監視費。
第 62 條
保稅倉庫儲存之貨物，如經全部完稅或移倉，海關得應保稅倉庫業者之請求，准予暫行停業，停業期間，免徵規費。
保稅倉庫經准予暫行停業或事實上停業已滿二年者，海關得命其於一個月內復業、進儲貨物或提出合理說明，屆期不為者，海關得廢止其登記。
第 63 條
保稅貨物進出保稅倉庫，其押運加封作業由海關定之。
第 64 條
保稅倉庫依臺灣地區與大陸地區貿易許可辦法存儲經濟部未公告准許輸入之大陸地區物品之監管要點，由海關定之。
第 65 條
本辦法自發布日施行。但中華民國九十五年六月二十八日修正發布之第八條及第九條規定，自九十五年六月二十八日施行。
本辦法中華民國一百零四年七月二十四日修正發布之條文，自一百零五年三月十二日施行。但第四條、第二十四條第五款及第四十八條自發布日施行。