營利事業適用生技醫藥公司股東投資抵減辦法
民國 112 年 11 月 16 日
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第 1 條
本辦法依生技醫藥產業發展條例（以下簡稱本條例）第七條第四項規定訂定之。
第 2 條
本條例第七條第一項用詞，定義如下：
一、創立：指於本條例施行後，依法完成公司設立登記。
二、擴充：指於本條例施行後，依法完成增資變更登記。
三、原始認股：指發起設立時，發起人以現金所認股份，或增資擴展時，股東以現金認購增資擴展之股份。
四、應募：指募集設立或增資擴展時之應募股份及其承銷期間購買之股票；公司如係減資後增資，除該減資行為係全數為彌補虧損外，其增資金額應大於彌補虧損以外之減資金額。
五、認股或應募股票成為記名股東達三年：指股東繳納股票價款之當日起，連續持有三年以上者。
六、有應納營利事業所得稅之年度：指股東之所得稅結算申報有應納營利事業所得稅額，或申報無應納營利事業所得稅額經稅捐稽徵機關核定有應納營利事業所得稅額之年度。
七、抵減各年度應納營利事業所得稅額：指抵減稅捐稽徵機關核定股東之各年度營利事業課稅所得額按所得稅法規定稅率計算之應納稅額，及稅捐稽徵機關核定股東之上一年度未分配盈餘按所得稅法規定稅率計算之應加徵稅額。
第 3 條
生技醫藥公司申請適用本條例第七條之投資抵減，新投資創立者應自公司設立登記之次日起六個月內，增資擴充者應辦理增資，並於公司變更登記之次日起六個月內，且於中華民國一百二十年十二月三十一日以前，檢具下列文件，向經濟部（以下簡稱本部）申請核發生技醫藥投資計畫核准函，逾期申請者，不予受理：
一、公司設立登記表或公司變更登記表。
二、新投資創立公司原始股東名冊或該次增資擴充股東名冊，包括股東戶號、名稱、認股股數、認股金額等；其股東如屬創業投資事業者，並應檢附足資證明經營創業投資事業之證明文件。
三、投資計畫書，包括專門從事生技醫藥業務之投資計畫目的、投資項目、經營團隊、研究發展團隊與其職掌、項目製程或研究發展流程、建廠或擴廠時間表、研究發展開始作業及項目開始銷售或開始提供服務之時間表。
四、生技醫藥公司審定函。
五、申請當年度生技醫藥專職研究發展人員學歷證明書與其實際從事生技醫藥研究發展內容職掌及佐證資料。
六、議決該投資計畫增資之股東會或董事會會議紀錄影本；屬新投資創立者，為發起人會議紀錄影本。
生技醫藥公司屬從事本條例第四條第一項第二款第二目業務者，以未上市、未上櫃公司，或自設立登記日當日起未滿十年之上市、上櫃公司為限，其依前項申請應檢附下列文件，逾期申請者，不予受理：
一、前項各款文件。
二、申請當年度生技醫藥專職製造人員學歷證明書與其實際從事生技醫藥製程內容職掌及佐證資料。
生技醫藥公司執行第一項或前項投資計畫，其研發成果或技術供他人製造、使用者，應取得合理之權利金或其他合理之報酬。
第一項及第二項應檢具之各類證明文件屬外文者，應經當地公證或認證機構公證或認證，並檢具經駐外機構驗證之中文譯本。
增資擴充之公司申請第一項或第二項生技醫藥投資計畫核准函，當次現金增資應以執行一個投資計畫為限。
本部於核發第一項及第二項生技醫藥投資計畫核准函時，應副知受理核發完成證明機關、財政部賦稅署及公司所在地之稅捐稽徵機關。
第 4 條
營利事業原始認股或應募生技醫藥公司發行之股票，成為該公司記名股東達三年，且該生技醫藥公司未以該認股或應募金額，依其他法律規定申請免徵營利事業所得稅或股東投資抵減者，得以其取得該股票之價款百分之二十，自有應納營利事業所得稅之年度起，按原始認股或應募年度順序，依序於五年內抵減各年度應納營利事業所得稅額。其每一年度得抵減總額，以不超過該營利事業當年度應納營利事業所得稅額百分之五十為限。
前項營利事業如為創業投資事業，其依規定原可抵減之金額，應由其營利事業股東依持有該創業投資事業股權比例計算可享投資抵減金額，自創業投資事業成為該生技醫藥公司記名股東第四年度起，按創業投資事業原始認股或應募年度順序，依序於五年內抵減該創業投資事業之營利事業股東各年度應納營利事業所得稅額。其每一年度得抵減總額，以不超過該創業投資事業之營利事業股東當年度應納營利事業所得稅額百分之五十為限。
前二項生技醫藥公司於中華民國一百十年十二月三十一日以前新投資創立或增資擴充，於一百十年十二月三十一日以前已依規定向本部申請核發生技新藥投資計畫核准函者，其營利事業股東投資抵減金額不受前二項後段百分之五十限額限制；於一百十一年一月一日以後向本部申請核發生技醫藥投資計畫核准函者，其營利事業股東投資抵減應依前二項規定辦理。
開始抵減年度應納營利事業所得稅額不足抵減者，得在以後四年度應納營利事業所得稅額中抵減之。
營利事業股東依本辦法申請抵減，應於辦理稅捐抵減年度之營利事業所得稅結算申報時，檢具營利事業股東投資抵減稅額證明書，向管轄稅捐稽徵機關辦理稅捐抵減。
第一項及第二項營利事業股東與被投資之生技醫藥公司相互間，如有藉投資資金或其他虛偽之安排，不當為他人或自己規避或減少納稅義務之情形，稅捐稽徵機關為正確計算該營利事業之課稅所得額及應納稅額，得依查得資料，按實際交易事實依法予以調整。
第 5 條
生技醫藥公司應於其營利事業股東以現金繳納股票價款當日起滿三年之次年一月底前，或本辦法中華民國一百十一年八月三十日修正發布日當日起四個月內，檢具下列文件，向公司所在地之稅捐稽徵機關申請核發營利事業股東投資抵減稅額證明書，逾期申請者，不予受理：
一、創立或增資前、後之公司登記證明文件；如有多次增資，併同檢附投資計畫開始至本次增資之資本形成明細表。
二、生技醫藥投資計畫核准函。
三、議決該次增資之股東會或董事會會議紀錄影本；屬新投資創立者，為發起人會議紀錄影本。
四、營利事業股東繳納股票價款證明文件。
五、營利事業股東繼續持有股票達三年，可適用投資抵減之金額明細表，包括股東戶號、名稱、統一編號、認股股數、認股金額、繳款日期、股票編號或證券存摺、繼續持有達三年之股數、可抵減金額及可抵減稅額。
前項生技醫藥公司之營利事業股東屬創業投資事業者，該創業投資事業之營利事業股東，應提供下列文件，供生技醫藥公司依本條例第七條第三項規定，向公司所在地之稅捐稽徵機關提出前項申請：
一、入股於該創業投資事業參與生技醫藥公司創立或擴充時起，連續三年期間均為該創業投資事業記名營利事業股東之名冊。
二、前款營利事業股東於創業投資事業參與生技醫藥公司創立或擴充時，其持有該創業投資事業之股權比率。
生技醫藥公司依前二項規定應檢送之資料如有缺漏，經稅捐稽徵機關通知補正，屆期未補正或補正未完全者，不予受理。
稅捐稽徵機關應於第一項受理申請日或前項生技醫藥公司檢齊文件之日起二個月內，將申請結果函復該公司，其經核准者，應併同核發營利事業股東投資抵減稅額證明書。
生技醫藥公司應於稅捐稽徵機關核發營利事業股東投資抵減稅額證明書送達之次日起一個月內，發給第一項及第二項股東營利事業股東投資抵減稅額證明書。
第 6 條
經核發生技醫藥投資計畫核准函之生技醫藥公司，應於該核准函核發之次日起五年內完成投資計畫，並於投資計畫完成日之次日起六個月內檢具相關文件，依下列規定申請核發完成證明，逾期申請者，不予受理：
一、投資計畫之執行地點位於科學園區內之公司，向國家科學及技術委員會科學園區管理局為之。
二、投資計畫之執行地點位於農業科技園區內之公司，向農業部農業科技園區管理中心為之。
三、投資計畫之執行地點位於科技產業園區內之公司，向經濟部產業園區管理局為之。
四、投資計畫之執行地點位於直轄市內之公司，向當地直轄市政府為之；位於直轄市以外之公司，向經濟部產業發展署為之。
五、於前四款所定二區域以上執行投資計畫者，向機器、設備購置金額最高處之受理機關為之；如未購置機械、設備者，向公司所在地之受理機關為之。
前項核發完成證明機關於核發完成證明時，應副知財政部賦稅署及公司所在地之稅捐稽徵機關。
第 7 條
經核發生技醫藥投資計畫核准函之生技醫藥公司，未能於本部核發核准函之次日起五年內完成投資計畫，或投資計畫項目變更者，應於期限屆滿前，向本部申請延長或變更；全程計畫完成期限不得超過六年。
本部核定計畫延長或項目變更時，應副知核發完成證明機關、財政部賦稅署及公司所在地之稅捐稽徵機關。
生技醫藥公司未能依第一項規定期限完成投資計畫者，應於期限屆滿後六個月內，通知本部無法完成投資計畫，本部於核復時，應副知核發完成證明機關、財政部賦稅署及公司所在地稅捐稽徵機關。
第 8 條
生技醫藥公司依第六條規定申請核發完成證明時，應檢具下列文件：
一、設立或資本額變更登記前、後之公司登記證明文件影本；投資計畫之機器、設備安裝地位於科學園區、農業科技園區或科技產業園區內者，為設立或資本額變更登記之公司登記證明文件或商業登記證明文件影本。
二、生技醫藥投資計畫核准函影本。
三、足資證明完成生技醫藥之研究發展、臨床前試驗、臨床試驗或田間試驗之證明資料、生技醫藥上市或製造許可證明，或受託開發製造生技醫藥之證明資料。
四、購置之全新機器、設備及技術清單、配置圖及購置該機器、設備及技術之統一發票影本、海關進口相關證明文件影本或會計師查核證明文件；無購置行為者，免附。
五、議決該投資計畫增資之股東會或董事會會議紀錄影本；屬新投資創立者，為發起人會議紀錄影本。
六、募集現金資本之相關證明文件。
七、該投資計畫所支應之公司固定營業場所之投資、興建、各項與公司經營本業有關之營業成本及費用支出審查明細清單及相關文件。
生技醫藥公司申請核發完成證明時，未能檢具前項第三款相關文件者，第六條第一項核發完成證明機關於接獲申請案後，得請本部邀請生技醫藥公司審定辦法第二條第二項機關代表及學者專家召開專案會議提供諮詢意見。
第 9 條
經核發生技醫藥投資計畫核准函之生技醫藥公司，於申請核發完成證明期間內，經受理核發完成證明機關實地勘查，投資計畫已屬完成，於完成證明尚未核發前，遭受震災、風災、水災、旱災、寒害、火災、土石流、海嘯、瘟疫、蟲災、戰爭、核災、氣爆，或其他不可預見、不可避免且非屬人力所能抗拒之不可抗力災害或事件者，核發完成證明機關仍得依據原完成狀態，核發其完成證明。
第 10 條
生技醫藥公司投資計畫之試驗項目應符合藥事法、農藥管理法、動物用藥品管理法、醫療器材管理法或其他相關法規規定；其設備安裝地點位於都市計畫地區者，應符合都市計畫法及都市土地使用分區管制之規定；位於非都市計畫地區者，應符合區域計畫法及非都市土地使用管制之規定。
生技醫藥公司依第六條規定申請核發完成證明經核發完成證明機關否准，或依第七條第三項規定取具本部核復函，或未依第六條第一項規定期限申請核發完成證明，或未依第七條第三項規定通知本部者，應分別自否准函、核復函送達、第六條第一項規定六個月申請期限屆滿或第七條第三項規定六個月通知期限屆滿之次日起，於六個月內向所在地稅捐稽徵機關申請註銷營利事業股東投資抵減稅額證明書。
生技醫藥公司取得完成證明，屬新投資創立者，於設立登記之日起七年內；其屬增資擴充者，於增資變更登記之日起七年內，如有彌補虧損以外之減資行為，該減資部分不得適用投資抵減，應由生技醫藥公司自公司減資變更登記之次日起六個月內，向所在地稅捐稽徵機關申請更正或註銷營利事業股東投資抵減稅額證明書。
生技醫藥公司有前二項規定之情事，且其營利事業股東已依本條例第七條列報抵減稅額者，其營利事業股東應向稅捐稽徵機關補繳已抵減之稅額，並自抵減各該年度營利事業所得稅結算申報期間屆滿之次日起至繳納日止，依各年度一月一日郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併繳納。
生技醫藥公司營利事業股東未依前項規定補繳及加計利息者，應由稅捐稽徵機關追繳其已抵減之稅額並依前項規定加計利息。
生技醫藥公司之營利事業股東取得營利事業股東投資抵減稅額證明書並依第四條規定適用投資抵減，有下列情形之一者，應由稅捐稽徵機關追繳該股東已依本條例第七條規定抵減之稅額，並自抵減各該年度營利事業所得稅結算申報期間屆滿之次日起至繳納日止，依各年度一月一日郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併徵收：
一、生技醫藥公司經本部依生技醫藥公司審定辦法第四條第三項規定撤銷審定函者，營利事業股東自始不得列報投資抵減。
二、生技醫藥公司經本部依生技醫藥公司審定辦法第四條第三項規定廢止審定函，其股東於審定函失效後取得營利事業股東投資抵減稅額證明書者，自始不得列報投資抵減。但生技醫藥公司於審定函失效前，取得生技醫藥投資計畫核准函且其營利事業股東繼續持有該公司股票達三年者，該營利事業股東得適用本辦法規定投資抵減。
第 11 條
經核發生技醫藥投資計畫核准函之生技醫藥公司，其依核准之投資計畫所募集之資金，以於投資計畫期間支應該投資計畫所需者為限。
前項所稱支應該投資計畫所需者，指與該投資計畫有關之下列支出：
一、公司固定營業場所之投資、興建、各項與公司經營本業有關之營業成本及費用支出。
二、購置全新與自行開發之機器、設備及技術之支出。
第一項所募集之資金於投資計畫期間，未全數支應該投資計畫所需者，其可適用營利事業股東投資抵減之金額，應按已支應該投資計畫之金額占所募集資金之比率計算之。
稅捐稽徵機關於審查第二項與該投資計畫有關之支出時，對生技醫藥公司申報之支出內容或相關事項有疑義者，得請各中央目的事業主管機關協助認定。
第 12 條
本辦法自中華民國一百十一年一月一日施行至一百二十年十二月三十一日止。
本辦法中華民國一百十二年十一月十六日修正發布條文，自發布日施行至一百二十年十二月三十一日止。